Mae Teito Klein yn gyn-gaethwas sydd bellach yn mynychu academi filwrol Ymerodraeth Barsburg oherwydd ei allu i ddefnyddio math o bŵer annaturiol, Zaiphon. Mae'r sgil yn anghyffredin ac felly'n werthfawr iawn.
Mae Teito yn amnesiac sydd â breuddwydion yn aml. Y nos cyn Teito, bydd y prawf graddio a'i unig ffrind, Mikage, yn addo na fyddant byth yn gadael ei gilydd. Mae Teito yn clywed pobl yn siarad amdano, ddiwrnod yn ddiweddarach. Gan roi'r gorau i glywed, mae'n deall yn sydyn mai'r Pennaeth Staff Ayanami, yr uchelseinydd, yw'r un a laddodd y boi sy'n adnabyddadwy yn ei ffantasïau: brenin adfail Teyrnas Raggs, ei dad. Mae un o'i is-weithwyr yn cael ei ddarganfod yn clustfeinio ac yn ceisio ymosod ar Ayanami ond yn dod â Teito i lawr ar unwaith a'i anfon i'r carchar. Daw Mikage i'w helpu i ddianc, ac yna darganfod bod Teito wedi llwyddo i ymladd ar ei ben ei hun heibio'r gwarchodwyr. Mae'r ddau yn ffoi trwy'r creu ond maen nhw wedi'u cornelu ar falconi. Er bod chwyth Zaiphon yn ei glwyfo bod Ayanami Teito yn cyfarwyddo i ddal gwystl Mikage, yna mae'n gwneud ei getaway. Mae tri esgob yn y 7fed Ardal gyfagos yn dod o hyd i'r Teito clwyfedig ac yn ei ystyried i eglwys agos i wella, lle mae wedi ei gysgodi oherwydd deddf diogelwch y 7fed Dosbarth.
Ymhen amser, darganfyddir bod Teito yn cymryd Llygad Mikhail, talisman cryf y difethwyd tir ei gartref iddo. Mae'r realiti hwn, ynghyd ag aduniad sy'n dyngedfennol, yn dal Teito i mewn i erlid dial o Ymerodraeth Barsburg yn ogystal ag am wybodaeth am ei gynharach. Mewn unwaith, caiff ei daflu gan ei safle fel cludwr Llygad Mikhail i mewn i'r frwydr hirsefydlog sy'n cynnwys y drwg Verloren y 07 Ghosts, a'i wrthwynebwyr.
